問題の解決は簡単！。これはコントローラーが認識されていない場合に表示される。
この四角と十字はキーボードあるいはタッチパッドでコントロールする場合に使用するため？詳細不明。
以下のように「ジョイスティック」タブを見てみるとコントラーラーが認識されていない。
この状態になると、自動的に四角と十字のマークは消えることになる。
FlyWithLuaで消すこともできるようだ。set (“sim/joystick/eq_pfc_yoke”, 1)
X-Planeで画面の中央上に正方形と十字が表示される問題