他のプログラムをアップロードして、再度MobiFlightを起動した場合、メガボードを認識しなくなります。
メガボードを繋いだ状態でMobiFlightを起動すると以下のように「Unknown」となりボード自体の存在は認識されるようになる、後はそれがMega2560であることを認識させる必要があります。それには「Unknown」を選択して右クリックして「Update Firmware」を選択すると認識されるようになる。
以下のように認識された。これでMegaボードを使えるようになる。
以下の「Modules」にグリーンのチェックが入っていることを確認。MobiFlightの再起動が必要かも。