yStandardを使っているが、デフォルトで使っているカラーピッカーでは選択した色を反映させることはできるが、その色を保存して置くことができない。
デフォルトの色は以下のようになっている。

そして、デフォルトの色はどこで設定してあるかというと、外観 -> カスタマイズ -> [ys]ブロックエディッター -> カラーパレット(閉じてあるので開く)

ここで設定した色がカラーパレットにデフォルトとして保存されていることになる。これを変更すれば、以下のデフォルトの色も変更することができる。

更に下の方にスクロールすると「ユーザー定義1〜3」がある。

ユーザー定義で作成された色は、以下のようにデフォルトの色の最後に追加される。結局上の設定の色がそのまま以下のところに表示されると言うことらしい。

できれば、カラーピッカーで新しく選択した色をそのまま保存できればいいかなと思うが、無理らしい。自分の好きな色を変更するには「 [ys]ブロックエディッター」に戻ってやるしかできないようだ。
色を選択して保存、これを是非追加してほしい。